W biogazowniach rolniczych możemy przetwarzać takie substraty, jak:

• pozostałości z produkcji zwierzęcej – obornik, gnojowica,
• pozostałości z produkcji roślinnej – pozostałości pasz, resztki pożniwne,
• biomasę z upraw polowych i użytków zielonych – kiszonki, ziarno,
• odpady poubojowe kat. K2 i K3,
• odpady z przemysłu spożywczego- np. .przeterminowane produkty,
• odpady z mleczarni,
• odpady z cukrowni,
• odpady z przemysłu fermentacyjnego i innych branż..

W przypadku stosowania odpadów z produkcji zwierzęcej lub przetwórstwa rolno-spożywczego w wielu przypadkach potrzebny jest system odbioru i przygotowania substratów odpadowych do wykorzystania i utylizacji w biogazowni. Ze względu na różnorodność takich substratów, każda biogazownia powinna być zaprojektowana dla konkretnego przyjętego zestawu substratów.

Przy niektórych rodzajach substratów konieczne okazuje się zastosowanie szczególnych rozwiązań technologicznych.

Przepisy o ochronie zdrowia i zwalczania chorób zakaźnych odzwierzęcych klasyfikują produkty uboczne pochodzenia zwierzęcego na trzy kategorie:

− kategoria K1 – zwierzęta zakażone lub podejrzane o zakażenie BSE, zwierzęta domowe, egzotyczne z cyrków i ogrodów zoologicznych, zwierzęta laboratoryjne;– tylko do spalenia

− kategoria K2 – zwłoki zwierząt gospodarskich, treść przewodu pokarmowego ssaków, osad zakładów przetwarzających materiał kategorii 2 i 3; – wymóg sterylizacji przed dalszym wykorzystaniem

− kategoria K3 – pozostałości od zwierząt uznanych za zdatne do spożycia, środki spożywcze pochodzenia zwierzęcego nie zagrażające zdrowiu zwierząt i ludzi, wycofane środki spożywcze pochodzenia zwierzęcego; wymóg higienizacji przed dalszym wykorzystaniem.

Do substratów trudno fermentujących i niebezpiecznych zaliczamy substraty z kategorii K2 i K3 odpadów poubojowych, obornik kurzy oraz większość odpadów przemysłu rolno-spożywczego [Myczko i inni, 2011]. Z jednej strony stanowią one znakomite źródło biogazu, gdyż są wydajne i przynoszą znaczne korzyści biogazowni z tytułu opłat utylizacyjnych. Z drugiej strony, w związku z wymogami sanitarnymi, konieczne jest zaprojektowanie w biogazowni instalacji, które w trakcie obróbki termicznej odpadu pochodzenia zwierzęcego eliminują niebezpieczne patogeny. Po higienizacji odpad przesyłany jest do fermentora w celu poddania go procesowi fermentacji.

Największą grupę w tej kategorii stanowią odpady poubojowe i z przetwórstwa mięsa, które podlegają szczególnym wymaganiom utylizacyjnym ze względu na obowiązujące Rozporządzenie (WE) Parlamentu Europejskiego i Rady nr 1069/2009 z dnia 21 października 2009 r., ustanawiające przepisy sanitarne dotyczące produktów ubocznych pochodzenia zwierzęcego nie przeznaczonych do spożycia przez ludzi. Rozporządzenie to wprowadziło konieczność stosowania różnych metod wstępnej obróbki termicznej wszystkich produktów ubocznych pochodzenia zwierzęcego nie przeznaczonych do spożycia przez ludzi.

Dodatkowo zakłady wykorzystujące uboczne produkty pochodzenia zwierzęcego do produkcji biogazu podlegają zatwierdzeniu w zakresie bezpieczeństwa sanitarno- weterynaryjnego przez powiatowego lekarza weterynarii.

Ponadto przepisy ustawy z dnia 14 grudnia 2012 r. o odpadach umożliwiają wykorzystywanie części substratów pochodzących z przemysłu rolno spożywczego jako produkty uboczne. Przedmiot lub substancja, powstające w wyniku procesu produkcyjnego, którego podstawowym celem nie jest ich produkcja, mogą być uznane za produkt uboczny, niebędący odpadem, jeżeli są łącznie spełnione następujące warunki:

1) dalsze wykorzystywanie przedmiotu lub substancji jest pewne;

2) przedmiot lub substancja mogą być wykorzystywane bezpośrednio bez dalszego przetwarzania, innego niż normalna praktyka przemysłowa;

3) dany przedmiot lub substancja są produkowane jako integralna część procesu produkcyjnego;

4) dana substancja lub przedmiot spełniają wszystkie istotne wymagania, w tym prawne, w zakresie produktu, ochrony środowiska oraz życia i zdrowia ludzi, dla określonego wykorzystania tych substancji lub przedmiotów i wykorzystanie takie nie doprowadzi do ogólnych negatywnych oddziaływań na środowisko, życie lub zdrowie ludzi.

W celu uproszczenia procedury związanej z wykorzystaniem produktów ubocznych wytwórca danego przedmiotu lub substancji, powinien przedłożyć marszałkowi województwa właściwemu ze względu na miejsce ich wytwarzania zgłoszenia uznania przedmiotu lub substancji za produkt uboczny zgodnie z procedurą przewidzianą w ustawie.