Znaczącymi źródłami hałasu do otoczenia od pracującej biogazowi będą przede wszystkim: jednostka kogeneracyjna, która wytwarza z biogazu energię elektryczną system wentylatorów, miejsce odprowadzenia spalin z agregatu prądotwórczego, a także pochodnia awaryjna, które są standardowo wyposażane w techniczne urządzenia redukcji hałasu (wygłuszające przegrody budowlane, obudowy dźwiękochłonne, tłumiki hałasu, itp.). Ponadto najlepszym zabezpieczeniem przed negatywnym oddziaływaniem hałasu jest odpowiednie rozplanowanie całej instalacji biogazowni w taki sposób, aby źródła hałasu były ukierunkowane przeciwnie do zabudowy chronionej akustycznie oraz obiekty „neutralne” ekranowały zabudowę mieszkaniową.

Pewien niepokój budzą informacje, że do produkcji biogazu będą uprawiane rośliny, stanowiące zagrożenie dla środowiska, jak np. barszcz Sosnowskiego. Uprawa nowych gatunków roślin, obcych naszej strefie klimatycznej, jest regulowana Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 9 września 2011 r. w sprawie listy roślin i zwierząt gatunków obcych, które w przypadku uwolnienia do środowiska przyrodniczego mogą zagrozić gatunkom rodzimym lub siedliskom przyrodniczym (Dz. U. z 2011 r. Nr 210, poz. 1260). Rozporządzenie to precyzyjnie wskazuje gatunki, których uprawa jest zabroniona w Polsce. Wyklucza to możliwość uprawy roślin inwazyjnych.

Ryzyko skażenia środowiska, zwłaszcza gleb i wód, wiąże się z niewłaściwym zagospodarowaniem masy pofermentacyjnej. Podobnie jak w przypadku gnojowicy – przenawożenie pofermentem może powodować uszkodzenia roślin, migrację biogenów do wód gruntowych, a także spływy powierzchniowe. Dlatego gospodarka pofermentem jest ściśle regulowana odpowiednimi przepisami, a dbałość o ten element eksploatacji biogazowni gwarantuje jej poprawne funkcjonowanie w otoczeniu.

Istnieje bardzo małe ryzyko wybuchu biogazu powstającego w biogazowni. Tylko w określonych warunkach metan wykazuje właściwości wybuchowe. Aby proces spalania został zainicjowany muszą być spełnione jednocześnie trzy warunki: substancja palna, energia do zainicjowania zapłonu, tlen do utrzymania procesu spalania. Dodatkowo mieszanina metanu i powietrza musi być w odpowiedniej proporcji wyznaczonej określonymi stężeniami. Jest to dolna i górna granica zapalności (wybuchowości). Przy wykonywaniu wszelkich prac serwisowych i obsługi, a więc podczas wszystkich operacji eksploatacyjnych dotyczących komór fermentacyjnych, pofermentacyjnych, zbiornika gazu i instalacji gazowej niezbędne są pomiary stężeń przy pomocy eksplozymetrów, właściwe procedury i zasady bezpieczeństwa określone w instrukcji eksploatacji biogazowni. Cała instalacja biogazowni powinna być wyposażona w system zabezpieczeń (mechaniczny, hydrauliczny i elektryczny). Ponadto instalacja wyposażana jest w urządzenia zapewniające bezpieczną eksploatację (system detekcji gazu, systemy zabezpieczeń poziomów i ciśnień) oraz zdalny monitoring.

Przestrzeganie zasad BHP zabezpiecza nie tylko przed wybuchem biometanu, ale też przed zatruciem. Pracownicy wykonujący prace w poszczególnych strefach zagrożenia powinni być zaopatrzeni w odzież i sprzęt ochronny. Niezbędne jest też ich przeszkolenie w zakresie BHP, ochrony p.poż, i posiadanie odpowiednich uprawnień, w zależności od rodzaju wykonywanych prac. Przestrzeganie przepisów uchroni pracowników od zatrucia, a instalacja będzie prawidłowo eksploatowana.
Budowa biogazowni może się wiązać z negatywnym oddziaływaniem na środowisko, dlatego w niektórych przypadkach należy przeprowadzić postępowanie w sprawie oceny oddziaływania na środowisko. Aktem wykonawczym w tym zakresie jest rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 9 listopada 2010r. w sprawie przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko (Dz. U. Nr 213, poz. 1397 ze zm.)

Zgodnie z §3 ust. 1 pkt 45) - instalacje do produkcji paliw z produktów roślinnych, z wyłączeniem instalacji do wytwarzania biogazu rolniczego w rozumieniu ustawy z dnia 10 kwietnia 1997 r. - Prawo energetyczne (Dz. U. z 2006 r. Nr 89, poz. 625, z późn. zm.) o zainstalowanej mocy elektrycznej nie większej niż 0,5 MW lub wytwarzających ekwiwalentną ilość biogazu rolniczego wykorzystywanego do innych celów niż produkcja energii elektrycznej;§3 ust. 1 pkt 80) instalacje związane z odzyskiem lub unieszkodliwianiem odpadów, inne niż wymienione w § 2 ust. 1 pkt 41-47, z wyłączeniem instalacji do wytwarzania biogazu rolniczego w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 10 kwietnia 1997 r. - Prawo energetyczne o zainstalowanej mocy elektrycznej nie większej niż 0,5 MW lub wytwarzających ekwiwalentną ilość biogazu rolniczego wykorzystywanego do innych celów niż produkcja energii elektrycznej, a także miejsca retencji powierzchniowej odpadów oraz rekultywacja składowisk odpadów.

Społeczne uciążliwości wynikają z nieprawidłowych relacji pomiędzy biogazownią a otoczeniem. Utrzymujący się protest społeczny nie stanowi dobrego tła dla realizacji inwestycji. Jeżeli pomimo silnego protestu uda się wybudować biogazownię, może dojść do długotrwałego konfliktu, który obydwu stronom przyniesie straty. Społeczni przeciwnicy mogą wzywać różne służby na kontrole, zaś użytkownik biogazowni nie zechce włączyć się w życie społeczeństwa. Dlatego najlepszym rozwiązaniem jest porozumienie i ustalenie zasad wspólnego korzystania z przestrzeni gospodarczej i społecznej.